清早一直激战到下午，农民军支持不住，向西逃跑。陈永福刚刚在唐河打败敌人，农民军到了田家营，左良玉渡河进攻，杀死、俘虏了很多人。九月，巡抚杨绳武-左良玉回避敌人，朝廷责令他立功赎罪。
崇祯十年（1637年）正月，农民军将领老回回联合曹操、闯塌天的各部兵力沿江东下，安庆传来警报。朝廷命令左良玉从中叶出发前去援救。左良玉途中剿杀了南阳的土匪杨田、侯驭民、郭三海，急忙抵达六安，同农民军相遇。部将罗岱、道兴乘胜作战，连连获胜。农民军逃往霍山和潜山。此时马爌、刘良佐在桐城、庐州、六安也多次打败农民军，在滁州、和州两地的农民军也向西逃跑，江北的危急也稍稍减弱了。
拥兵自重
应天巡抚张国维三次发布檄文要左良玉进入山中搜剿，左良玉没有响应，而是纵兵在当地掳掠妇女。屯居舒城一个多月后，河南监军的太监极力催促他，左良玉才向北去，这时农民军已经掠夺够了，进入山中。过后，淅川陷落，左良玉拥兵坐视，不去援救。因为在六安破敌有功，以前诏书让他戴罪立功，至此又恢复了官职。农民军东下袭击-，攻占天长，兵分几路占领瓜洲、仪真，打下盱眙。左良玉坚决不肯去救援，反让中州的士绅-挽留自己。朱由检知道是左良玉自己的意思，也无法改变他的意志。十月，总理熊文灿到达安庆，兵部传令左良玉的部队归他统领，左良玉瞧不起熊文灿，不肯听他征调。
崇祯十一年（1638年）正月，左良玉与总兵陈洪范在郧西大败农民军。张献忠想借官府的名义袭击南阳，驻扎在南关。左良玉正好赶到，心中怀疑，就召他们前来，张献忠逃跑而去。左良玉追上去，射了两箭，射中他的肩膀，又挥刀猛砍，张献忠血流满面。他的部下及时援救才得免一死，于是逃到谷城，不多时，请求投降。左良玉知道他是假装投降，竭力请求向他进攻，熊文灿不允许。九月，熊文灿进攻郧阳、襄阳两地的农民军，斩获二千首级。十二月，河南巡抚常道立派左良玉到陕州。农民军乘卢氏守备空虚，逃往内乡、淅川两地。这个月，许州发生兵变，左良玉的家眷安置在许州，在兵变中被灭了门。
崇祯十三年（1640年），督军杨嗣昌荐左良玉有“大将之才，兵亦可用”，拜为平贼将军。其后，在川陕交界的平利一带与张献忠遭遇，张献忠大败，献忠妻妾被捕，农民军首要人物被杀，左良玉因此加太子少保。杨嗣昌虽拜左良玉为平贼将军，但总觉得此人傲不可用。除督师约束左良玉外，又暗许贺人龙指日可取代左良玉之职，就在贺人龙跃跃欲试急于取代左良玉的时候，左良玉在玛瑙山与农民军交锋中，大破农民军，杨嗣昌对贺人龙说：任命之事后议。贺人龙因此怀恨在心。并将此事告诉左良玉。左良玉记恨在心，就在川陕一战中，杨嗣昌命令左良玉堵截农民军，左良玉袖手旁观，杨嗣昌九檄左良玉，左良玉仍置之不理。由于左良玉观战不至，张献忠从容出川攻打襄阳，农民军大胜，杨嗣昌一气之下汤水不进而亡。崇祯十四年（1641年）又将左良玉削职戴罪立功自赎。
崇祯十五年（1642年），侯恂为督师发帑五十万犒赏左良玉所属部下，左良玉与李自成会战于朱仙镇，左良玉大败，退至襄阳。开封再战，左良玉不敢迎战。李自成遂攻打襄阳，左良玉撤兵至武昌，左良玉向楚王要兵员、要粮饷，均没得到补给，遂掠夺武昌包括漕粮盐舶。到九江后拥兵二十万观望自保。后张献忠克武昌，朝廷严令出兵，才出战大败立足未稳的张献忠，收复汉阳。待张献忠入蜀后，出兵收复武昌。
进爵为侯
崇祯十七年（1644年）三月，朝廷下诏封左良玉为宁南伯，给他的儿子左梦庚平贼将军的大印，并许诺大功告成以后就让他们父子世代把守武昌。又命令给事中左懋第顺路经过时督促他出兵作战，左良玉于是按年月拟定了一份出兵计划交了上去。他的奏疏交上后还没有得到朝廷的答复，就听说北京被李自成攻下。左良玉部下的将领人心惶惶，因为江南拥立了福王朱由菘，请求率兵东下。左良玉痛哭失声，发着誓言不许他们东下。副将马士秀说：“哪个不听左公命令要东下，我杀了他！”并在大船上架起大炮截断长江航线，大家这才平静下来。
福王继位后，晋升左良玉为侯，荫封他一个儿子为锦衣卫正千户，并且一同加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官，都荫封他们的子孙世袭官职。把长江上游的事专门委托给了左良玉，不久又加封他为太子太傅。当时李自成在山海关战败了，左良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟左良玉很友好，弘光朝廷就把这一带靠作屏障。
已老且病
左良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。每年春秋时节在武昌的各座山头上操练兵马，每座山上只有一种颜色的旗帜，山谷中都给插遍了。演习的办法是用两个人并排骑马飞驰，称作“过对”。马蹄声震天动地如打响雷，几里外都能听到。东部各镇的兵马只有高杰最强，但也远远赶不上左良玉的兵力。不过左良玉自从朱仙镇一战失败以后，精锐的兵力差不多丧失完了，后来归附他的大都是一些乌合之众，军容看起来壮观，但左良玉不能很好地驾驭部下了。左良玉的家族在许昌被灭门，他在武昌时，各军营的将领都通宵达旦地有歌记舞女相陪，左良玉自己总是洁身独处。有一次他夜间设宴招待部下，召来了十多名军记过来上酒，她们在房里走来走去，不一会儿左良玉向左边侧着脸咳了几声，这些军记们赶忙依次退出了。宾客们为之肃然起敬，没有哪个敢抬头看他。左良玉对部下的驾驭很得体，就象这件事一样，他受到了部下的佩服。但是这时秦良玉已经年老并且多病，没有收复中原的雄心了。
同室操戈
左良玉做官曾得力于侯恂的推荐。侯恂本是东林党人。马士英、阮大铖掌权后，担心东林党人依靠左良玉跟自己为难，就口头上虚伪地跟良玉结交，暗中忌恨他，并修筑板机城作为向西防御的屏障。左良玉叹着气说：”现在西面有什么好防的，大概是防我吧！”适逢朝廷中的各种事情一天不如一天，监军御史黄澍仗着良玉的势力当面顶撞了马士英、阮大铖。黄澍返回后，朝廷派遣锦衣-来逮捕黄澍，左良玉把黄澍留下不肯交出。于是黄澍与其他一些将官天天请良玉出兵清除皇上身边的坏人，左良玉犹豫不决，没有答应。不久，北来太子一事发生了，黄澍借此机会激发大家的怨气借以报复自己的仇恨，召引了三十六营大将与自己结盟。
左良玉于是下定了造反的决心，发布檄文讨伐马士英，从汉口到蕲州，排列了二百多里长的军舰，浩浩荡荡地顺江东下了。当时左良玉的病情已经很严重，到九江后，他邀请总督袁继咸进他船中来，从袖中拿出一道密旨，说是皇太子送来的，以此来劫持当地的将领与自己结盟，继咸严词拒绝了他。良玉的部将郝效忠暗中进入九江城，放火把城烧毁就离开了。左良玉看着城中的火光，说：“我对不起袁公啊！”当场吐了几升血，这天夜里就死了。
死年是清顺治二年（1645年）四月。各位将领秘不发丧，共同推选他的儿子左梦庚为军主。七日，大军东下，朝廷传令让黄得功渡江防守，剿灭叛军，左梦庚率余部投降清朝。
左良玉清君侧
清君侧，即清除诸侯或皇帝身边的亲信。南明弘光元年（1645），宁南侯左良玉兴兵，以解救太子、讨伐马士英为口号由九江东下进军南京，矛头直指当朝首辅马士英，亦谓之“清君侧”。此事件成为影响时局的重大事件。
左良玉与马士英、阮大铖集团之间的矛盾，和左良玉与李自成农民军的角逐，东林党复社与马、阮集团之间的党争，弘光朝廷与清的军事斗争，左良玉阵营内部的矛盾及“假太子案”等，都在这一历史事件中展现出来。
左良玉清君侧而加速了弘光政权的瓦解。有人认为左良玉并非奸臣，由于受到体制的影响导致明末的门户之争和君主的门户之分造成了大臣党争，左良玉只不过是党争中其中之一。
历史评价
时人：军中有一曹，流贼闻之心胆凉。次左良玉、汤九州；若京营兵，贼甚轻之。
马世奇：今闯、献并负滔天之逆，而治献易，治闯难。盖献，人之所畏；闯，人之所附。非附闯也，苦兵也。一苦于杨嗣昌之兵，而人不得守其城垒。再苦于宋一鹤之兵，而 人不得有其室家。三苦于左良玉之兵，而人之居者、行者，俱不得安保其身命矣。
徐鼒：①亡明之天下者，左良玉也。论者咎其玛瑙山之养寇、朱仙镇之丧师。夫玛瑙山之养寇诚然；朱仙镇之败，岂良玉所愿出哉？迹其角逐二贼，遇献忠则捷、遇自成则败；岂其材力优于献忠而绌于自成欤？献忠残剥淫掠如饿豺狼，故良玉得乘其敝。自成之再出河南也，诡托仁义之师号召饥民，为所愚者箪食壶浆之恐后；而良玉之摽掠顾甚于贼，焉得而不败哉！古名将之治军也，取民家一笠者斩；岂有无制之师而可抗敌哉！吾故未遑责其养寇之不忠，而先责其为将之不仁也。 ②不曰明左良玉陷九江，而曰左良玉陷明九江何？绝之于明也。吾君详观良玉本末，骄恣则有之，非有苏峻、侯景背逆之心也；昵近匪人、包荒悍将，身陷大罪，涕泣无从，亦已晚矣！若惠登相者，所云佣中佼佼欤！
张廷玉：①长身赪面，骁勇，善左右射。目不知书，多智谋，抚士卒得其欢心，以故战辄有功。②左良玉以骁勇之材，频歼剧寇，遂拥强兵，骄亢自恣，缓则养寇以贻忧，急则弃甲以致溃。当时以不用命罪诸将者屡矣，而良玉偃蹇偾事，未正刑章，姑息酿患，是以卒至称兵犯阙而不顾也。
温睿临：宁南恃功寖骄。祗以心轻熊文灿、杨嗣昌一流人耳。夙昔深得将士驩，无黄澍则必无索饟事；兵不索饟，则乌得入其内犯罪：是可保修名于不坠也。观其“吾负临侯”一语，其初衷可鉴矣！百世而下，史氏率书其反。反，则澍成之也。澍惟有“触奸”一事为时论所许。既降后，又以不薙发，赚死金先生正希；受职后，又垂涎金穴，致沿海生灵于重遭夷戮。吁！名教中乃有此人邪！君子曰：”损者三友“。宁南之身败名裂而遗恨千秋者，惟澍一人足成诸。甚矣，交之不可不慎也！
顾诚：当时实际情况来看，左良玉早已成为一个拥兵割据的军阀，勇于虐民，怯于大战。他的统兵东下主要是避免同李自成率领南下的大顺军作战，假借伪太子“密诏”赴南京“救驾”显然是一派谎言，离开武昌时就大肆屠戮，对弘光朝廷任命的巡抚、总督等方面大员任意拘留，心目中既无朝廷，也无百姓。其直接后果是导致弘光朝廷加速瓦解。
崔鸿
崔鸿（478&mdash
