1938年5月16日，弗朗西斯科·佛朗哥的军队进攻巴塞罗那时在巴塞罗那的社交俱乐部投掷了炸弹，造成了极大的损失。几个月后，巴塞罗那被佛朗哥军队占领。巴塞罗那足球俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志，会员人数被勒令减少到3486人，面临着巨大的生存问题。
1939年6月29日，Les Corts球场为举办一场比赛而正式重新开放。比赛由一大堆军人和当权者主持。俱乐部在赛前一场演讲中声明自己不再是反西班牙情绪的载体，而是要成为新政权下西班牙竞技的新偶像。
1940年3月，弗朗哥政府的官员恩里克·皮涅罗被任命为巴塞罗那主席，俱乐部的名字也被勒令从原来比较英国化的名字FutbolClubBarcelona 改为了西班牙化的ClubdeFutbolBarcelona（1973年恢复了原来的名字），加泰罗尼亚旗上的4道红杠被勒令减少到了2道，直到1949年恢复原状。
1943年对皇家马德里的比赛中，巴塞罗那队员受到了裁判和警察的死亡恐吓。巴塞罗那主席皮涅罗虽然是法西斯分子，但最后厌烦了自己的俱乐部受到了马德里政府这样的待遇，最后辞职。
1944年，萨米蒂埃执教巴萨，赢得了1944/45西班牙联赛冠军，这是自1929年以来球队首个联赛冠军。
巴塞罗那获得了1944/45、1947/48、1948/49三个赛季的联赛冠军，还在1949年获得了拉丁杯的冠军。巴塞罗那在1949年举行了庆祝俱乐部50周年的庆典，会员达到了24893人，共获得了21座加泰罗尼亚杯冠军，9次西班牙杯冠军，4次联赛冠军。
五冠王朝
（1950-1968）
1950年6月库巴拉加盟巴塞罗那。俱乐部在 Ferdinand Dau?ík教练和库巴拉的带领球队获得了1951/52，1952/53赛季联赛冠军，还包办了1951/953三年的西班牙杯冠军。在1951/52赛季，巴塞罗那在由巴罗萨、塞萨尔、库巴拉、莫雷诺、曼科恩组成的锋线率领下成为了联赛、西班牙杯、拉丁杯、马丁杯、罗西杯冠军的五冠王。
在1953年，俱乐部又赢得了西甲冠军和大元帅杯。同年，巴萨与河床达成协议，签下迪斯蒂法诺，拥有该球员的所有权。与此同时，皇马与迪斯蒂法诺当时正效力的米伦拿列奥俱乐部展开谈判。在弗朗哥分子的支持下，一个奇怪的结果诞生了，迪斯蒂法诺被规定轮流为两家球会效力。巴萨对这个裁定十分不满，并主动放弃了这名球员。库巴拉的巴萨和迪斯蒂法诺的皇马争斗多年，争夺西班牙足球的统治权。
伴随着库巴
拉、拉马莱茨、泰加塔和赛博尔的离开，巴萨的五冠王朝宣告结束。
随着新兴建的诺坎普体育场于1957年9月24日启用，巴塞罗那正式踏入一个新时代。
1958/59赛季及1959/60赛季先后两夺联赛冠军，1957/58赛季及1959/60赛季更获得了博览会杯。1961年巴塞罗那在圣西罗击败AC米兰，首次打进欧洲冠军杯欧洲联赛冠军杯决赛，但2-3败给葡萄牙本菲卡足球俱乐部。
1968年西班牙杯决赛，巴萨在伯纳乌以1-0击败皇马，取得胜利，完场前几分钟的时间，观众向巴萨球员投掷玻璃瓶，所以这场比赛又称为“玻璃瓶决赛”。
克鲁伊夫时期
（1969-1978）
1969年，蒙塔尔赢得选举成为俱乐部主席。他的计划是坚持全民参与，他灌输一种所有会员都能通过选票反映自己想法的理念。
1972年，诺坎普通过扬声器播放加泰语，俱乐部新闻也开始用加泰语。1973年，俱乐部恢复原有的名字：巴塞罗那足球俱乐部
1973年，蒙塔尔再度被选为主席，他的竞选标语是“巴萨不仅仅是一家俱乐部”。
1973年巴塞罗那签下了荷兰足球传奇人物克鲁伊夫。
1973/74赛季巴塞罗那获得了联赛冠军，为俱乐部75周年庆典献上了大礼。这时的巴塞罗那已经拥有了69566名会员，成为当时世界上最有影响力的足球俱乐部。
1974年2月17日，巴萨在伯纳乌5-0大胜皇马，并获得了1973/74赛季的西甲冠军，可以说是结束了14年的低谷。
梦一王朝
（1978-1995）
1978年巴塞罗那获得了西班牙国王杯冠军。
1978年5月6日，约瑟普·刘易斯·努涅斯当选巴塞罗那主席，自此他亦成巴塞罗那在任最久的会长。
1979年5月16日，巴萨与杜塞尔多夫在决赛中相遇，这场史诗般的比赛一直踢到加时，巴萨4-3胜出夺得优胜者杯冠军。这是努涅斯担任主席期间的首个冠军头衔。
1981年3月1日，球队的最佳射手恩里克-卡斯特罗——“基尼”，在自己家门口被绑票。他被关了25天，期间球队上下全都团结起来。基尼被绑架对球队产生了巨大的心理影响。虽然失去了前锋，球队仍被要求继续踢联赛，但已经失去了争冠的可能。巴萨支持者组织了一次盛大的游行示威要求释放基尼，最终他在3月25日被释放。
1982年马拉多纳加盟巴萨，但是因为肝炎和一连串伤病，马拉多纳在巴萨并没有取得预想中的成绩。
九十年代的巴塞罗那仍然取得极佳成绩。由克鲁伊夫执教的巴塞罗那由1991年起连夺4届联赛冠军，加上于1992年科曼的入球击败森多利亚，赢得球会的第一个欧冠冠军，故被誉为巴塞历年来的“梦幻队”（梦一队）。当时队中名将如云，由防守的科曼、拉塞尔以至进攻的罗马里奥、萨博尼斯，可谓粒粒皆星。唯一美中不足之处，是球队在1994年欧冠决赛以0-4的大比分惨败于卡佩罗执教的AC米兰，无法再取得另一个欧冠冠军。
平淡期（1995-2002）
随后几年巴萨成绩一直平平无奇，但当球队在1997年夏天由荷兰人范加尔接手后，球队便先后赢得1998及1999年联赛冠军。当时范加尔大量引进荷兰球员，由防守的科库以至前锋的克鲁依维特、范·方卓都是星级荷兰人，被称为“荷兰班底”。可惜范加尔并未能为球会更进一步，起因源于范加尔与球员就战术问题不断争执，影响球队士气。而与部分球星不和亦令范加尔对球员甚有微言。当在2000年西甲中型班拉科鲁尼亚赢得西甲冠军后，巴萨只得第二名，范加尔便宣布辞职，更在记者会上抨击球员毫无素质，没有能力争取佳绩。自此巴萨踏入衰落期，联赛更曾一度跌落至第十五位，连欧冠杯席位都多次失去。
梦二王朝